参考答案

（1）甲建筑公司应纳营业税
①建造写字楼工程应纳营业税＝（8000-500-1000）×3％＝195（万元）
②出租自建写字楼应纳营业税＝90×5％＝4.5（万元）
③转让旧仓库应纳营业税＝120×5％＝6（万元）
④转让土地使用权应缴纳营业税＝（560-420）×5％＝7（万元）
甲建筑公司应纳营业税＝195+4.5+6+7＝212.5（万元）
（2）甲建筑公司应纳增值税：
附设工厂制造金属构件应纳增值税＝500÷（1+17％）×17％＝72.65（万元 ）
（3）应扣缴营业税＝1000×3％＝30（万元）
（4）甲建筑工程公司转让5年前建成的旧仓库，取得收入120万元，该仓库的原值为100万元，已提取折旧40万元。经有权机构评估，成新度为30％，目前建造同样的仓库需要150万元；转让旧仓库时向政府补缴出让金40万元 ，发生其他相关费用8万元；
转让旧仓库的土地增值额＝120-150×30％-40-8-120×5％×（1+7％+3％） ＝120-99.6＝20.4（万元）
增值率＝20.4÷99.6×100％＝20.4％
应缴纳土地增值税＝20.4×30％＝6.12（万元）
转让土地使用权的土地增值额＝560-420-6-（560-420）×5％×（1+7％+3 ％）＝560-433.7＝126.3（万元）
增值率＝126.3÷433.7×100％＝29.12％
应缴纳土地增值税＝126.3×30％＝37.89（万元）
合计应纳土地增值税＝6.12+37.89＝44.01（万元）